La mayor parte de las lenguas de nuestro planeta tienen un origen más o menos determinado. La lengua japonesa es una excepción. Los filólogos llevan décadas discutiendo sobre el incierto origen del japonés. En su origen no tiene ninguna relación ni con la lengua ainu, ni con el chino. El chino es una lengua monosilábica y completamente distinta, en su composición y formación, al japonés. Los ainu eran una raza que procedía de Siberia y ocuparon las islas del Japón muchos años antes de que la actual raza japonesa les confinara a las provincias del extremo norte de Japón, Hokkaidô y Karafuto (siglo VII a.C.). Actualmente sólo existen unos 15.000, en su mayoría en la isla de Hokkaidô. Conservan sus costumbres y tradiciones típicas, y hablan su propia lengua, distinta de la japonesa.
Por guardar algún parecido con el coreano y el mongol, se ha incluido en el grupo de las lenguas altaicas (mongol, somoyedo, tungunaso, etc.). La lengua japonesa es una lengua aglutinante, como el coreano, el mongol, el turco, el húngaro, el finés, etc. Esto quiere decir que forma palabras con sufijos y afijos añadidos al radical.
Aunque la lengua japonesa, sintácticamente, no tenga relación alguna con el chino, su vocabulario está compuesto, en su mayoría, de palabras chinas, introducidas bastante recientemente.
El japonés podría ser considerado dentro de una filiación lingüística independiente y no con un origen derivado de otras lenguas. Como prueba de ello estarían tanto su aislamiento geográfico como el ser la lengua de un pueblo que no ha sufrido ninguna invasión extranjera.
Se conoce por Yamato tanto al Japón antiguo como a su primitiva lengua. El archipiélago japonés comenzó a poblarse en el 2500 a.C. con pueblos mongólicos procedentes del continente asiático, principalmente en las islas de Hokkaidô y Kyûshû (Japón está formado por tres grandes islas, las ya mencionadas, y la más extensa, que es la de Honshû).
La raza de Yamato llevaba ya nueve siglos en Japón. Como todo pueblo, comenzó a desarrollar una lengua y una cultura. Se sabe que su arcaica lengua era polisilábica, aunque se desconoce si poseían escritura. Sea como fuese esta lengua, cuando los primitivos japoneses estaban culturalmente preparados para desarrollar una lengua escrita sufrieron el influjo cultural del continente asiático. No fueron los chinos quienes llevaron su cultura a Japón, la cultura china llegó a través de sabios coreanos. Esta llegada no fue homogenea ni temporal ni geográficamente. La fecha de esta invasión cultural va desde el siglo III hasta el siglo VII (la mayoría de los autores hablan de que ya en el siglo III de la Era Cristiana comenzaron a introducirse las ciencias y literatura chinas). Como fecha concreta se puede dar la del 405 a.C. en que la Corte Imperial adopta oficialmente la escritura china.
El pueblo japonés adoptó los ideogramas o caracteres kanji como forma de escritura. Desde ese momento los japoneses usaron los caracteres kanji para expresar sus ideas y conceptos. Un ideograma es una unidad conceptual que tiene significado por sí misma, a diferencia de nuestro alfabeto, que necesita la unión de vocales y consonantes para expresar un concepto. En un principio, como suele ser normal en la introducción de nuevas culturas, la escritura china se difundió sólo entre las clases más selectas. El libro más antiguo que se conserva es el Kojiki ("Crónica de los sucesos antiguos"), una obra histórica y mitológica fechada en el 712 de nuestra era, que está escrita en una mezcla de japonés y chino.
La influencia no fue sólo de la escritura, sino en el lenguaje mismo. Los japoneses adoptaron el vocabulario chino y lecturas chinas de los kanjis, pero les dieron sus propios significados. El idioma japonés, sin haber desvirtuado en lo más mínimo su autonomía lingüística, ha sido inmensamente enriquecido conceptualmente gracias a los caracteres chinos.
Los japoneses no sólo adoptaron los ideogramas para expresar sus ideas, sino que inventaron una fonética especial basada en los sonidos iniciales de los ideogramas chinos para expresar sonidos de su propia lengua. Usaron los caracteres kanjis para representar las palabras que ellos pronunciaban; por eso se perdió parte del significado original de los kanjis. En otros casos se tomaron los caracteres chinos utilizando sólo su fonética para representar determinadas sílabas japonesas. Este hecho originó la escritura man´yôgana y ésta a su vez evolucionó para convertirse en los "abecedarios" silábicos que se conocen con los nombres de hiragana y katakana.

Cantonese Language Association